房产抵押合同只办理公证不能保障当事人的合法权益。因为：

1 、城市房产抵押是一种要式法律行为，必须签订书面的抵押合同，并要到房管部门办理抵押登记手续。根据我国担保法第41条、第42条的城市房产抵押合同必须办理抵押登记方可生效，即登记是房产抵押合同生效的必备条件。
2、办理房产抵押合同公证的作用只证明合同已经成立，即双方签订了房产抵押合同，但房产抵押合同并不会因办了公证而生效。要使房产抵押合同生效，一定要到房管部门办理登记手续。是否公证与房产抵押合同生效无关。

从上述情况来看，房产合同只办理公证是不能使权益受到法律保护的，因此建议你及时到房管部门办理抵押登记手续。